Boris Cyrulnik fait ses études secondaires au lycée Jacques-Decour à Paris, puis supérieures à la faculté de médecine de Paris. Le service de neurochirurgie parisien dans lequel il fait fonction d'interne pendant un an (1967-1968) refuse de prolonger son contrat, et le service de psychiatrie de l'hôpital de Digne dans lequel il commence alors son internat refuse également de prolonger son contrat au bout d'un an (1968-1969), malgré l'appel de cette décision qu'il fait alors auprès du conseil de l'ordre15. Afin de valider son certificat d'études spéciales en neuropsychiatrie, il semble trouver un point de chute dans le service de psychiatrie du Pr Sutter15 à Marseille (une autre version de sa biographie mentionne quant à elle un internat en psychiatrie à Digne-les-Bains de 1968 à 1971)[réf. nécessaire].
Il devient ensuite médecin chef de La Salvate, un établissement privé de postcure psychiatrique16. Il quitte ce poste en 1979 et s'installe comme psychanalyste à mi-temps17, tout en donnant des consultations au centre hospitalier intercommunal de Toulon-La Seyne-sur-Mer (jusqu'en 1991) ; il y crée un groupe de recherches en éthologie clinique qu'il anime jusqu'à la fin des années 1990 au moins18. Il publie en 1984 Éthologie clinique : 14 textes originaux (éditions de la Société de psychologie médicale de langue française)19. Chargé de cours d'éthologie humaine/clinique à la faculté de médecine de Marseille de 1974 à 1987, il devient en 1995/1996 directeur d'enseignement d'un diplôme universitaire (DU) de la faculté des lettres et sciences humaines de Toulon.
En 1998, il est nommé président du Centre national de création et de diffusion culturelles de Châteauvallon, puis en 2005 président du Prix Annie-et-Charles-Corrin sur la mémoire de la Shoah (depuis 2005). Il est également membre du conseil d'orientation de l'institut Diderot (un fonds de dotation pour le développement de l’économie sociale créé par la société de groupe d'assurance mutuelle Covéa).
Boris Cyrulnik est une des 43 personnalités ayant constitué la commission Attali sur les freins à la croissance, dirigée par Jacques Attali et installée le par Nicolas Sarkozy20.
Depuis 2007, il dispose d'une chronique dominicale sur France Info, Histoire d'Homme avec Marie-Odile Monchicourt et Yves Coppens21.
En décembre 2012, il participe à la création de l'université privée Fernando Pessoa, devenue CLESI, avec un autre universitaire et ancien président de l'université (publique) de Toulon, B. Ravaz22,23. Elle sera condamnée à fermer ses portes le 18 septembre 201424.
Avec sa femme Florence (médecin qui n'a pas exercé), il a deux enfants : Natacha, devenue décoratrice de théâtre et maître de conférence à l'Université Sophia Antipolis de Nice25, et Ivan, musicien26.
Après avoir présidé, en 2018, les Assises de l’école maternelle, Boris Cyrulnik s'est vu confier par le Président Emmanuel Macron en septembre 2019 la présidence du "Comité des 1 000 premiers jours de l'enfant", une période fondatrice dans le développement des tout-petits. La commission d’experts rendra ses travaux en janvier 202027.
